A história da alternativa que não foi

Em 7 de janeiro, o virologista Leondios Kostrikis anunciou na televisão local que seu grupo de pesquisa da Universidade de Chipre, em Nicósia, havia identificado vários genomas de SARS-CoV-2 que incluem elementos de variantes delta e omicron.

Apelidado de “Deltacron”, Kostrikis e sua equipe enviaram 25 das sequências para o popular repositório público GISAID naquela noite e outras 27 sequências alguns dias depois. Em 8 de janeiro, a agência de notícias financeiras Bloomberg História escolhidae Deltacron virou notícia internacional.

A resposta da comunidade científica foi rápida. Vários especialistas anunciaram nas redes sociais e na imprensa que a sequência 52 não indicava uma nova variante, e não era resultado de recombinação – o compartilhamento genético de informações – entre vírus, mas pode ter resultado de contaminação em laboratório.

“Não existe um #Deltacron”, Krutika Kubali tuitou, membro da equipe técnica COVID-19 da Organização Mundial da Saúde, com sede na Universidade Médica da Carolina do Sul em Charleston, em 1º de janeiro. “#Omicron e #Delta não foram uma ótima variante.”

Propagação de desinformação

A história por trás de como uma pequena safra de sequências de SARS-CoV-2 se tornou objeto de um debate científico curto e intenso é complexa. E enquanto alguns pesquisadores elogiam o sistema por detectar rapidamente um possível erro serial, outros alertam que os eventos da semana passada podem fornecer um alerta sobre a disseminação de desinformação durante a pandemia.

Kostrikis diz que aspectos de sua hipótese original foram mal interpretados e que – apesar do nome confuso que alguns meios de comunicação entenderam que as sequências eram vírus recombinantes delta-micron – ele nunca disse que as sequências representavam uma mistura dos dois.

No entanto, 72 horas após os pesquisadores carregarem as sequências, Kostrikis as removeu da exibição pública no banco de dados, aguardando uma investigação mais aprofundada.

Mais de 7 milhões de genomas de SARS-CoV-2 foram carregados no escritório da GISAID em Washington, DC, diz Sheryl Bennett, funcionária do escritório da GISAID Foundation em Washington, DC. GISAID Banco de dados desde janeiro de 2020, alguns erros de serialização não devem surpreender.

“No entanto, tirar conclusões precipitadas sobre dados que acabaram de ser fornecidos por laboratórios que se encontram sob grande pressão de tempo para gerar dados em tempo hábil não ajuda em nenhum surto”, diz ela.

Erro de sequência?

A sequência “Deltacron” foi gerada a partir de amostras de vírus que Kostrikis e sua equipe obtiveram em dezembro como parte de um esforço para rastrear a disseminação de variantes do SARS-CoV-2 em Chipre. Ao examinar algumas de suas sequências, os pesquisadores notaram uma assinatura genética semelhante a ômícrons no gene da proteína spike, que ajuda o vírus a entrar nas células.

Em uma carta para temperar a natureza, Kostrikis explica que sua hipótese inicial era que algumas partículas do vírus delta haviam desenvolvido independentemente mutações genéticas de pico semelhantes às comuns em Omicron. Mas após extensa cobertura de notícias, outros cientistas que trabalham em sequenciamento genético e COVID-19 apontaram para outra possibilidade: um erro de laboratório.

O sequenciamento de qualquer genoma é baseado em primers – segmentos curtos de DNA manufaturado que servem como ponto de partida para o sequenciamento por ligação à sequência alvo.

No entanto, o delta possui uma mutação no gene espinhoso que reduz a capacidade de alguns primers de se ligarem a ele, dificultando o sequenciamento dessa região do genoma. O Omicron não compartilha essa mutação, portanto, se alguma partícula Omicron for misturada à amostra devido à contaminação, o gene sequenciado pode fazer com que o pico pareça semelhante ao do Omicron, diz Jeremy Kamil, virologista da Louisiana State University Health Shreveport. .

Esse tipo de contaminação é “muito comum”, diz Kamel.

Kostrikis conta que se o Deltacron for um produto de contaminação, o sequenciamento deve resultar em uma sequência Omicron com mutações do tipo delta, já que Omicron tem uma mutação disruptiva de primer. Ele acrescenta que o argumento de contaminação do laboratório Deltacron foi “apresentado pelas mídias sociais sem analisar nossos dados completos e sem fornecer nenhuma evidência real sólida de que não é real”.

Desmascarar . desastre

No entanto, outros pesquisadores também apontaram que, mesmo que as sequências não sejam resultado de contaminação, as mutações identificadas por Kostrikis não são exclusivas da Omicron e são encontradas em outras variantes, tornando a designação ‘Deltacron’ um equívoco.

Thomas Peacock, virologista do Imperial College London, diz que o GISAID está cheio de sequências que contêm elementos de sequência vistos em outras variantes. Ele diz que essas sequências são “carregadas o tempo todo”. “Mas, em geral, as pessoas não precisam se desmascarar porque não há muita imprensa internacional em todos os lugares.”

“Os cientistas devem ter muito cuidado com o que dizem”, disse um virologista, que queria permanecer anônimo para evitar se envolver na controvérsia. temperar a natureza. “Quando dizemos algo, as fronteiras podem ser fechadas.”

Kostrikis agora diz que está “no processo de investigar todas as opiniões críticas expressas por eminentes estudiosos ao redor do mundo sobre meu último anúncio”. Ele diz que planeja enviar a pesquisa para revisão por pares.

Enquanto isso, Kamel e outros pesquisadores temem que tais incidentes possam tornar os pesquisadores mais relutantes em compartilhar dados sensíveis ao tempo. “Você tem que permitir que a comunidade científica se corrija”, diz ele. “E no caso de uma pandemia, você precisa facilitar o compartilhamento rápido de dados do genoma viral, porque é assim que encontramos variantes”.